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Las 15 mejores herramientas de biología para Linux para usar en 2020

Las 15 mejores herramientas de biología para Linux para usar en 2020

La biología, también conocida como ciencias de la vida, es una de las ramas centrales del conocimiento. Se ocupa de los procesos vitales de los organismos vivos. La historia de la investigación y el desarrollo en este campo es bastante antigua. Con el desarrollo de la tecnología informática, los hombres han creado un progreso real en este campo. Desde conquistar enfermedades fatales hasta resolver el misterio de un organismo vivo, la computadora es un gran compañero para los biólogos. Hay muchas herramientas de biología de código abierto disponibles por ahí. Linux es un sistema operativo de código abierto muy personalizable que muchos investigadores prefieren. Por lo tanto, si usted es biólogo o entusiasta aficionado de la biología y está buscando algún software de biología de Linux, puede consultar estas herramientas de biología para PC con Linux para aprovechar al máximo su estudio o investigación.


Algunas personas tienen una idea errónea de que Linux no tiene una gran biblioteca de software. Pero se sorprenderá de que en la categoría de software educativo y basado en investigación, Linux sigue siendo inmejorable. Es porque la mayoría de los científicos e investigadores están con el movimiento de software de código abierto.

Por lo tanto, está obteniendo una extensa colección de herramientas de biología para Linux. Son gratis y no menos que cualquier software pagado. Aquí he hecho una lista curada de 15 herramientas de diferentes tipos para que no tenga que molestarse en encontrarlas. Si revisa este artículo completo, espero que encuentre el mejor software para el sistema Linux, que se adapte a sus necesidades.

1. EMBOSS


La explicación del nombre del software es el paquete de software europeo Open Biology Molecular. Es una herramienta de biología de código abierto para Linux hecha para personas interesadas en el campo de la biología. EMBOSS es una poderosa herramienta de análisis secuencial. Es un paquete completo de herramientas que las características y posibilidades de esta herramienta están más allá de toda explicación.

1. EMBOSS - Herramientas de biología para Linux

Características clave de EMBOSS

  • Puede rastrear y recuperar rápidamente datos secuenciales de la web.
  • EMBOSS se utiliza para la alineación de secuencias, identificación de motivos de proteínas, análisis de patrones de secuencia de nucleótidos, etc.
  • Tiene una biblioteca incorporada para lanzar nuevas herramientas de código abierto.
  • Se incorpora una herramienta de presentación avanzada con esto para la publicación rápida de los datos recuperados.
  • Puede manejar cadenas, hacer coincidir patrones, procesar listas e indexar bases de datos mediante el uso de bibliotecas de programación adicionales.
  • La función de integración es útil para sincronizar con otras herramientas populares.

Obtén EMBOSS

2. NAMD


NAMD es un programa de simulación desarrollado especialmente para simular grandes sistemas biomoleculares. Esta herramienta de biología para Linux es tan poderosa que puede procesar millones de átomos a la vez de forma paralela. Charm ++ es un lenguaje basado en C ++ que se utiliza para escribir este programa. NAMD utiliza un entorno de tiempo de ejecución llamado Converse para ejecutarse en sistemas paralelos basados ​​en clúster, lo que ayuda a procesar grandes cantidades de datos biológicos a la vez.

2. NAMD

Características clave de NAMD

  • La simulación de la estructura molecular se prepara utilizando la Dinámica Molecular Visual.
  • Admite diferentes tipos de archivos de entrada, incluidos X-PLOR, CHARMM, AMBER, etc.
  • NAMD utiliza la integración de pasos múltiples para el análisis numérico.
  • Los usuarios pueden seleccionar entre una amplia gama de opciones de simulación dinámica.
  • Es compatible con el procesamiento acelerado de GPU.
  • Esta herramienta admite el muestreo general basado en réplicas a través del módulo de variables colectivas.

Obtener NAMD

3. GROMACS


GROMACS no es solo otra herramienta de simulación biológica; más bien, es un paquete de software completo con herramientas integradas de construcción y análisis. Esta versátil herramienta de biología para Linux puede realizar análisis y simulaciones de miles a millones de partículas biológicas. Fue desarrollado principalmente para el análisis de productos químicos biológicos como proteínas y lípidos. Pero ahora también se usa en campos de investigación no biológica.

3. GROMACS - Herramientas de biología para Linux

Características clave de GROMACS

  • Esta herramienta es dos o tres veces más rápida que sus competidores.
  • El código del software está altamente optimizado para un procesamiento de datos más rápido.
  • Gromacs es bastante fácil de usar. Los códigos de error están escritos con textos simples para facilitar la comprensión.
  • El extenso manual de usuario de esta herramienta está disponible de forma gratuita en formato de papel electrónico.
  • Puede almacenar datos de trayectoria en un método compacto.
  • Tiene algunas herramientas integradas para el análisis de trayectoria. Los usuarios no necesitan escribir ningún código para este propósito.
  • Cuenta con un generador de topología totalmente automatizado para proteínas, que es muy útil.

Consigue GROMACS

4. VMD


VMD es un programa avanzado de visualización biomolecular desarrollado para Linux. Un programa de visualización molecular es principalmente un programa para mostrar datos moleculares con gráficos 3D. VMD puede leer y analizar archivos PDB o Protein Data Bank y representarlos de forma gráfica estructurada. Incluso puede simular moléculas para diferentes condiciones y casos. Por lo tanto, se ha convertido en un programa muy útil para los investigadores profundos de la biología.

4. VMD

Características clave de VMD

  • Puede utilizar la potencia de GPU externa de la computadora.
  • El desarrollador no ha aplicado ninguna limitación para el número de moléculas u otros parámetros. ¡La RAM es tu límite!
  • Los usuarios pueden generar fácilmente archivos PDF desde la salida 3D estándar con la herramienta incorporada.
  • VMD puede utilizar el sistema de visualización estéreo siempre que lo tenga.
  • La extensa biblioteca de lector de archivos incorporado admite hasta 60 formatos de archivo diferentes.
  • Los investigadores pueden escribir sus comandos de rutina usando el lenguaje Tcl.

Obtenga VMD

5. simuPOP


SimuPOP no es otra herramienta de biología ordinaria para Linux. Más bien es un entorno de simulación genética de poblaciones en el futuro. Puede analizar y simular cualquier problema relacionado con la población. Por lo tanto, los investigadores en el campo de la biología utilizan esta herramienta para simular la propagación de enfermedades complejas. simuPOP usa Python como un lenguaje central de secuencias de comandos.

5. simuPOP - Herramientas de biología para Linux

Características clave de simuPOP

  • Tiene la opción de adjuntar campos de información a individuos de una población.
  • Tiene límites de número para el número de conjuntos homólogos de cromosomas u otros parámetros.
  • Cuenta con más de 70 operadores integrados para análisis de población.
  • La interfaz avanzada de secuencias de comandos ofrece a los usuarios la posibilidad de personalizar este programa.
  • simuPOP tiene un completo sistema de documentación para principiantes.

Obtén simuPOP

6. MÚSCULO


MUSCLE es la abreviatura del nombre original del software MUSCLE MUltiple Secuencia Ccomparación por Log- mixpectation. Es una herramienta de biología muy popular para Linux, que se utiliza para crear múltiples alineamientos de secuencias de aminoácidos o nucleótidos. Además, es una mayor precisión y una mejor velocidad lo mantiene por delante de otros competidores como ClustalW2 o T-Coffee. Es considerado como uno de los programas más rápidos en esta categoría.

6. MÚSCULO

Características clave de MUSCLE

  • Es compatible con tres funciones diferentes de puntuación de perfil de proteínas.
  • MUSCLE proporciona funciones de optimización diagonal y de anclaje.
  • El popular formato basado en texto FASTA se utiliza en esta herramienta como archivos de entrada y salida.
  • Presenta un beneficio adicional que puede generar archivos de salida como diferentes formatos populares como LUSTALW, MSF, HTML, etc.

Haz MÚSCULO

7. SeaView


SeaView es un software normal de alineación de secuencia múltiple. Pero su especialidad es que tiene una interfaz gráfica de usuario muy buena y fácil de usar. Este paquete se utiliza como back-end para otras herramientas populares como Clustal Omega, Gblocks y PhyML. Fast Light Toolkit, comúnmente conocido como FLTK, potencia la interfaz de usuario de este programa.

7. SeaView - Herramientas de biología para Linux

Características clave de SeaView

  • Admite la mayoría de los formatos de archivo para la secuenciación de ADN y proteínas, incluidos NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, etc.
  • Los usuarios pueden importar archivos de formato externo FASTA para algoritmos de alineación.
  • Puede dibujar árboles filogénicos y generarlos en diferentes formatos comunes como PDF, SVG, EPS, etc. para imprimir o publicar.
  • SeaView ha incorporado un descargador para descargar secuencias genéticas de Internet.

Obtenga SeaView

8. ROMPECABEZAS


TREE-PUZZLE es el nuevo nombre para el software PUZZLE. Es una herramienta de biología muy popular para Linux. Pero originalmente, es un algoritmo de búsqueda de árbol basado en consola que se utiliza para el análisis de grandes conjuntos de datos. Este paquete de software TREE-PUZZLE puede reconstruir árboles utilizando los algoritmos descritos por Strimmer y von Haeseler.

8. ROMPECABEZAS

Características clave de PUZZLE DE ÁRBOL

  • Utiliza algoritmos de cuarteto desconcertantes.
  • Esta herramienta puede asignar estimaciones de soporte para cada rama interna automáticamente.
  • TREE-PUZZLE puede construir árboles ingresando conjuntos de árboles dados por el usuario.
  • Tiene algunas herramientas para realizar pruebas estadísticas en los conjuntos de datos.
  • Puede estimar parámetros y distancias por pares.

Consigue PUZZLE

9. TreeView X


Es una herramienta de biología de código abierto para construir árboles filogénicos. El software de construcción de árboles es muy importante en el campo de la biología. Por eso se considera una buena herramienta de biología de Linux. Puede leer archivos de árbol con diferentes formatos de archivo.

9. TreeView X - Herramientas de biología para Linux

Características clave de TreeView X

  • Tiene una rica GUI basada en la biblioteca wxWidgets C ++.
  • Puede exportar árboles en diferentes formatos de archivo basados ​​en imágenes.
  • TreeView X tiene una opción de impresión avanzada incorporada que ayuda a formatear números de papel de impresión de acuerdo con las necesidades del usuario.
  • La función de arrastrar y soltar aumenta la productividad al usar esta herramienta.

Obtenga TreeView X

10. UGENE


Es un software de biología de código abierto para Linux. UGENE se utiliza para el análisis de diversos datos biológicos. Hoy en día, se usa principalmente para la secuenciación del genoma. Los datos analizados pueden almacenarse en el almacenamiento de la computadora o incluso en una base de datos de laboratorio compartida. La interfaz gráfica de usuario de esta herramienta ayuda a los usuarios a operar esto sin ningún conocimiento previo de codificación. Además de la GUI, también tiene una interfaz de línea de comandos heredada para trabajar.

10. UGENE

Características clave de UGENE

  • Los usuarios pueden crear y anotar secuencias de proteínas fácilmente.
  • Puede utilizar los múltiples núcleos de la CPU del host y puede utilizar una tarjeta gráfica discreta.
  • Tiene integración integrada con servidores bioinformáticos populares como PDB, NCBI, etc.
  • UGENE tiene una herramienta integrada Primer3 para el diseño de un cebador de PCR.
  • Cuenta con un visor de cromatograma avanzado.
  • Esta herramienta puede buscar señales complejas con ExpertDiscovery.

Consigue UGENE

11. Primer3


Primer3 es uno de los software de biología más populares para Linux. Es una herramienta de biología gratuita y de código abierto para Linux bajo la licencia GNU. Esta herramienta se utiliza para elegir el cebador de una secuencia de ADN. Esta herramienta también tiene una interfaz de usuario web alternativa llamada Primer3 Plus para aquellos que no desean instalarla localmente.

11. Primer3 - Herramientas de biología para Linux

Características clave de Primer3

  • Los usuarios van a importar / cargar archivos de secuencia en casi cualquier formato de archivo popular.
  • Las secuencias se pueden pegar en texto sin formato.
  • Tiene muchas características de personalización en la categoría de configuración general y avanzada.
  • Los usuarios pueden ingresar la calidad de secuencia en esta herramienta.
  • Hay una pestaña dedicada para los pesos de penalización en esta herramienta.

Consigue Primer3

12. Integrated Genome Browser


Como su nombre indica, es un navegador genómico para su escritorio. Es una herramienta de biología gratuita y de código abierto. Este software de biología para Linux puede buscar secuencias del genoma en Internet. Por supuesto, puede buscar estos datos bioinformáticos particulares a través de su navegador habitual. Pero créanme, este navegador dedicado hará que su flujo de trabajo sea mucho más rápido. Esta herramienta está construida sobre Genoviz SDK, una biblioteca de Java.

12. Integrated Genome Browser

Características clave del navegador integrado del genoma

  • Esta herramienta puede leer datos de muchos formatos de archivo, incluidos BAM, BED, Affymetrix CHP, FASTA, GTF, PSL, etc.
  • Los usuarios pueden exportar la salida a cualquier formato imprimible como SVG, PNG o incluso PDF fácil de usar.
  • Funciones dinámicas y en tiempo real de zoom y desplazamiento.
  • Admite servicios web de estilo REST para funciones de anotación.

Obtén IGB

13. LAMPARAS


LAMMPS es una de las herramientas de biología de código abierto más populares. La abreviatura significa «Lescala arge UNtomic /METROolecular METROatentamente PAGparalela Simulador «. Es un software de dinámica molecular de uso general. Pero hoy en día, es muy utilizado en el campo de la investigación biológica. Es desarrollado y mantenido por Sandia National Laboratories. Este software de biología de Linux utiliza la interfaz de paso de mensajes o el protocolo MPI para la comunicación paralela entre investigadores.

13. LAMMPS - Herramientas de biología para Linux

Características clave de LAMMPS

  • Utiliza una estructura de datos eficiente llamada Verlet List para realizar un seguimiento de las partículas cercanas.
  • Puede utilizar todo el potencial de un sistema informático paralelo al dividir el dominio de simulación en subdominios más pequeños y distribuirlos para cada procesador.
  • Esta herramienta es altamente portátil porque está hecha en C ++.
  • Soporte incorporado para el sistema de renderizado CUDA y OpenCL GPU.
  • Los usuarios pueden ampliar fácilmente nuevas características y funciones.

Obtén LÁMPARAS

14. Mothur


Mothur es un conocido software de biología de Linux entre los académicos. Este proyecto de software fue iniciado por el Dr. Patrick Schloss et al. Muchas publicaciones de investigación biológica citaron este software hasta ahora. Esta herramienta de código abierto es un procesador de datos bioinformáticos muy eficiente. Se utiliza principalmente para el análisis de ADN de los microbios no cultivados.

14. Mothur

Características clave de Mothur

  • Puede procesar datos generados a partir de varios métodos de secuenciación de ADN.
  • Casi todos los métodos populares son compatibles con esta herramienta, incluidos 454 pyrosequencing, Illumina HiSeq y MiSeq, Sanger, PacBio e IonTorrent.
  • Ninguna otra herramienta puede vencer a Mothur en el análisis de las secuencias del gen 16S rRNA.
  • Es mantenido regularmente por un grupo de conocidos estudiosos de la biología.

Obtener Mothur

15. PathVisio


PathVisio es una herramienta de biología gratuita y de código abierto para Linux. Se utiliza para dibujar, editar y analizar vías biológicas. Tiene muchas características útiles integradas con el paquete. Los usuarios también pueden instalar funciones adicionales a través de complementos. Esta herramienta se basa en Java, y es por eso que se puede instalar fácilmente en cualquier plataforma, incluida Linux.

15. PathVisio - Herramientas de biología para Linux

Características clave de PathVisio

  • Herramientas avanzadas de dibujo y anotación para rutas.
  • Incluso puede analizar diferentes tipos de vías biológicas.
  • PathVisio tiene integración integrada con WikiPathways para facilitar la publicación.
  • La herramienta de código abierto Cytoscape se puede integrar fácilmente con esta herramienta.
  • Se puede integrar con otros lenguajes de programación a través de PathVisioRPC.

Obtener PathVisio

Pensamientos finales


Como puede ver, existen numerosas herramientas para los diferentes fines necesarios en el campo de la biología. La biología es un vasto campo de conocimiento e investigación. Por lo tanto, es obvio que no necesitará usar todas las herramientas mencionadas anteriormente. Si prueba esta lista curada de software de biología de Linux, sabrá cuál se adapta mejor a sus trabajos. Y, si tiene algún software favorito en esta categoría, puede informar a los demás comentando a continuación.